《名侦探柯南：独眼的残像》以长野县为背景，聚焦于高人气角色“长野三人组”——大和敢助、诸伏高明与上原由衣的过去与羁绊。故事起始于毛利小五郎警视厅时期的同事“鳄鱼”遭遇一场离奇意外，而这场意外竟与多年前导致大和敢助失去左眼的案件有着千丝万缕的联系。随着调查深入，柯南发现“独眼”不仅是肉体上的伤痕，更是一段被刻意掩埋的残酷真相的象征。大和敢助的旧伤、诸伏高明的敏锐洞察、上原由衣的坚定信念，三人之间复杂的情感与信任危机逐渐浮出水面。与此同时，一个潜伏在暗处的神秘人物开始行动，试图阻止真相大白。本片在紧张推理之外，更细腻刻画了角色间的羁绊与救赎。当沉睡的记忆被唤醒，所有线索指向一个令人震惊的结局。柯南必须在有限时间内，拼凑出被时间侵蚀的残像，揭开足以颠覆长野县警界的惊天秘密。