在纽约阴暗的下水道深处，一只名叫斯普林特的老鼠曾是忍者大师滨户良的宠物。数年来，它通过观察和模仿主人修炼忍术的一举一动，竟无师自通地掌握了高深的忍者技巧。然而，邪恶的忍者首领施瑞德残忍地杀害了滨户良，斯普林特虽奋力反抗却无力回天。命运的转折发生在一次意外中，斯普林特救下了四只被神秘变异剂感染的小乌龟，它们与斯普林特一样发生了基因突变，获得了人类般的智慧与体型。斯普林特将四只乌龟视为己出，分别命名为达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，并倾尽毕生所学，将它们训练成技艺高超的忍者战士。在斯普林特的教导下，四只忍者神龟不仅掌握了刀剑棍叉等武器技巧，更懂得了团队协作与正义之道。他们从下水道出发，在纽约的夜幕下与施瑞德及其爪牙展开殊死搏斗，守护着这座城市的和平与安宁。师徒五人共同谱写着一段关于忠诚、勇气与复仇的传奇故事。