宇宙世纪0087年，距一年战争结束已过七年。吉恩残党仍在各地与地球联邦军冲突，联邦内部激进派系泰坦斯借机崛起，以“维持秩序”为名对宇宙住民实施残酷镇压，制造了多起血腥悲剧。为反抗泰坦斯的暴政，反地球联邦组织奥古秘密结成，与泰坦斯展开持续对抗。少年卡缪·维达因不满泰坦斯军官的侮辱而出手，意外夺走新型MS，加入奥古。他驾驶着由阿纳海姆公司开发的试作机Z高达，在战火中不断成长。随着战局扩大，卡缪不仅要面对泰坦斯的疯狂反扑，还要承受来自新吉恩势力哈曼·卡恩的介入。在政治阴谋与个人仇恨交织的漩涡中，卡缪凭借强大的Newtype能力，逐渐成为改变战局的关键，却也背负起远超年龄的沉重宿命。